本文是基于前面几篇教程讲解作为铺垫,如果你还不了解之前的内容请查看:
本篇教程主要介绍,添加刻度、标签的绘制,刻度位于<ticks>...</ticks>
块中,标签添加位于<plot>...</plot>
块中。
1)添加标签配置:
# 显示标尺
show_ticks = yes
show_tick_labels = yes
<ticks>
radius = 1r
# 标签颜色
color = black
# 标签的宽度
thickness = 5p
# 刻度
# sprintf(format,position*multiplier)
multiplier = 1
# %d - integer
# %f - float
# %.1f - float with one decimal
# %.2f - float with two decimals
#
# 更多格式请查看 http://perldoc.perl.org/functions/sprintf.html
format = %d
<tick>
# 间隔1个单位显示刻度
spacing = 1u
size = 10p
</tick>
<tick>
# 间隔5个单位显示刻度和值
spacing = 5u
size = 25p
show_label = yes
label_size = 20p
label_offset = 10p
format = %d
</tick>
</ticks>
2)添加标注:
上图展示的是lnks_dims的示意图,其值 lnks_dims = d1,d2,d3,d4,d5,分成了d1到d5共5个部分,决定的连线的形状。相对而言其他参数都很方便理解,配置如下:
# 添加标签
<plot>
type = text
color = black
label_font = default
label_size = 30p
file = label.txt
r1 = 1r+200p
r0 = 1r
show_links = yes
# 控制连线的形状
link_dims = 20p,0p,70p,0p,10p
link_thickness = 2p
link_color = black
# 控制堆叠情况
label_snuggle = yes
max_snuggle_distance = 2r
</plot>
其中label.txt
文件格式也相对简单和点图等相同,格式如下:
名称 起始位置 终止位置 标签名称
hs9 2 3 A3GALT2
hs9 11 11 TP3
hs9 11 11 TP5
hs9 11 11 TP6
hs6 2 3 A3GALT2
hs6 11 11 TP5
简单的circos标签已经添加好了,通过四节内容的学习,想必已经对circos图有了一个简单的了解了,后续会陆续添加一些高级绘图方法的讲解。
参考资料:
1.http://circos.ca/documentation/tutorials/2d_tracks/text_1