Omics - Hunter

关于我

作者:陈浩

在生信行业一路从一代测序、生物芯片、NGS高通量测序、单细胞测序、代谢走到蛋白质谱,最后加上云计算对生信的加持,林林总总建过一些流程、SOP、pipeline或者workflow。

创建本博客的目的是从最简单的生信软件、生信绘图技巧给大家提供一些经验和便利,如果你在生信中遇到一些问题或者有一些有意思的分析也欢迎你给我留言,近期的文章也会分享解决方案或者新的方法。前期如果有时间允许会逐步从测序到蛋白绘图、分析方法做一些汇总,本博客后期主要聚焦多组学以及多组学的知识图谱方面的研究和单细胞方向的讲解为主。

致谢

人生道路漫漫,吾上下求索。感激我母校赵丽敏教授给予科研的指导和帮助,让我在未来生物信息学领域有了积淀;同时感谢西湖大学郭天南老师和孙耀庭博士让我踏进蛋白组学研究的大门,感谢大家!

个人网站https://evvail.com

历史站点https://ewail.github.io/(我2015左右的一个历史站点,内容已经迁移至本站)

Githubhttps://github.com/ewai

研究方向:生物信息 、生物信息云计算 、蛋白质组学大数据挖掘、单细胞

擅长编程语言:Perl > Python > R > shell/bat > C# > C++等计算语言

擅长领域
1)转录组、蛋白组数据分析、多组学数据联合分析等(科研内容)
2)市场方向研究,多年生物市场工作经验(工作内容)

兴趣/科研方向:Marketing、NLP(ing)

发表文章:(ing)

1.赵利敏,陈浩.似士维螨对西洋参根的取食量及其繁殖潜势[J].昆虫学报,2016,59(02):219-226.(2013年毕业论文研究内容,得到赵利敏教授的指导完成,IF = 0.86)

2.Tiansheng Z, Hao C, Xishan Y, et al. ProteomeExpert: a docker image based web-server for exploring, modeling, visualizing, and mining quantitative proteomic data sets, Bioinformatics. doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1088
(2019年和天生老师等一起搭建的分析平台,比较幸运的一个项目,IF = 5)

工作经历:2013年大学毕业后,先后在上海生物企业负责公司的流程和workflow搭建,实验室自动化设计、云平台搭建等,后参与企业知识库建设、大数据的挖掘、算法研究等工作,有近10年数据分析经历。

科研经历(团队协作参与文章):

1. Shen B, Yi X, Sun Y, et al. Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera. Cell. 2020;182(1):59-72.e15.
doi:10.1016/j.cell.2020.05.032

2. Charmpi, K., Guo, T., Zhong, Q. et al. Convergent network effects along the axis of gene expression during prostate cancer progression. Genome Biol 21, 302 (2020).
doi.org/10.1186/s13059-020-02188-9

3. Nie X, Qian L, Sun R, Huang B. et al. Multi-organ Proteomic Landscape of COVID-19 Autopsies. Cell (2021).
doi.org/10.1016/j.cell.2021.01.004

4. Zhou K, Sun Y, Li L, Zang Z, Wang J, Li J, Liang J, Zhang F, Zhang Q, Ge W, Chen H, Sun X, Yue L, Wu X, Shen B, Xu J, Zhu H, Chen S, Yang H, Huang S, Peng M, Lv D, Zhang C, Zhao H, Hong L, Zhou Z, Chen H, Dong X, Tu C, Li M, Zhu Y, Chen B, Li SZ, Guo T. Eleven routine clinical features predict COVID-19 severity uncovered by machine learning of longitudinal measurements. Comput Struct Biotechnol J. 2021;19:3640-3649.
doi: 10.1016/j.csbj.2021.06.022.

5. Proteomics Uncovers Immunosuppression in COVID-19 Patients with Long Disease Course. https://doi.org/10.1101/2020.06.14.20131078

6. Gou W, Fu Y, Yue L, Chen GD, Cai X, Shuai M, Xu F, Yi X, Chen H, Zhu Y, Xiao ML, Jiang Z, Miao Z, Xiao C, Shen B, Wu X, Zhao H, Ling W, Wang J, Chen YM, Guo T, Zheng JS. Gut microbiota, inflammation, and molecular signatures of host response to infection. J Genet Genomics. 2021 May 3:S1673-8527(21)00094-1.
doi: 10.1016/j.jgg.2021.04.002.

7. Protein Classifier for Thyroid Nodules Learned from Rapidly Acquired Proteotypes. https://doi.org/10.1101/2020.04.09.20059741

8. Sun Y, Li L, Zhou Y, Ge W, Wang H, Wu R, Liu W, Chen H, Xiao Q, Cai X, Dong Z, Zhang F, Xiao J, Wang G, He Y, Gao J, Kon OL, Iyer NG, Guan H, Teng X, Zhu Y, Zhao Y, Guo T. Stratification of follicular thyroid tumours using data-independent acquisition proteomics and a comprehensive thyroid tissue spectral library. Mol Oncol. 2022 Feb 23. doi: 10.1002/1878-0261.13198. Epub ahead of print. PMID: 35194950.

9. Gou W, Yue L, Tang XY, Wu YY, Cai X, Shuai M, Miao Z, Fu Y, Chen H, Jiang Z, Wang J, Tian Y, Xiao C, Xiang N, Wu Z, Chen YM, Guo T, Zheng JS. Circulating proteome and progression of type 2 diabetes. J Clin Endocrinol Metab. 2022 Feb 20:dgac098. doi: 10.1210/clinem/dgac098. Epub ahead of print. PMID: 35184183.

部分开源贡献

1.向elgg(https://github.com/Elgg/elgg) 提交过bug pull request并被accept

2.Openswath文档(https://github.com/OpenSWATH/documentation)

3.向DIA-NN(https://github.com/vdemichev/DiaNN) 提交过bug pull request并被accept

4.向mxnet(https://github.com/apache/incubator-mxnet) 提交过bug pull request并被accept

5.向EncyclopeDIA (https://bitbucket.org/searleb/encyclopedia/commits/) 提交过bug pull request并被accept

6.向FragPipe(https://github.com/Nesvilab/FragPipe/tree/develop)提交过bug pull request并被接受

目标:单细胞研究、组学知识图谱(ing)

联系我:evvail__@__outlook.com(联系请移除下划线)

邀请作者喝杯咖啡,以资鼓励



人生真正的快乐,在于能对一个事业有所贡献,而自己认识到这是个伟大的事业

感谢您浏览并支持本博客,创建本博客的目的是为了帮助大家解决在生命科学计算中可能会遇到的小问题以及在生信路上的一些软件使用技巧,希望能给大家带来帮助。


作者:陈浩


版权:本文版权归作者所有


免责声明:本文中使用的部分图片来自于网络或者参考资料,如有侵权,请联系博主:chenhao__@__evvail.com(发件请删除下划线)进行删除


转载注意:除非特别声明,本站点内容均为作者原创文章,转载须以链接形式标明本文链接


本文链接:https://evvail.com/about

4 评论

  1. 学习了!有时间介绍下CPTAC的数据嘛

  2. 为大佬点赞

  3. 赞!!!加油

发表回复

如果你有什么好的建议或者疑问请给我留言,谢谢!

Captcha Code