本文是基于前面几篇教程讲解作为铺垫,如果你还不了解之前的内容请查看:

circos绘图-从入门到精通(一)

circos绘图-从入门到精通(二)

circos绘图-从入门到精通(三)

本篇教程主要介绍,添加刻度、标签的绘制,刻度位于<ticks>...</ticks> 块中,标签添加位于<plot>...</plot>块中。

1)添加标签配置:


# 显示标尺
show_ticks          = yes
show_tick_labels    = yes

<ticks>
radius           = 1r
# 标签颜色
color            = black
# 标签的宽度
thickness        = 5p

# 刻度
# sprintf(format,position*multiplier)
multiplier       = 1

# %d   - integer
# %f   - float
# %.1f - float with one decimal
# %.2f - float with two decimals
#
# 更多格式请查看 http://perldoc.perl.org/functions/sprintf.html

format           = %d

<tick>
# 间隔1个单位显示刻度
spacing        = 1u
size           = 10p
</tick>

<tick>
# 间隔5个单位显示刻度和值
spacing        = 5u
size           = 25p
show_label     = yes
label_size     = 20p
label_offset   = 10p
format         = %d
</tick>

</ticks>

2)添加标注:

上图展示的是lnks_dims的示意图,其值 lnks_dims = d1,d2,d3,d4,d5,分成了d1到d5共5个部分,决定的连线的形状。相对而言其他参数都很方便理解,配置如下:


# 添加标签
<plot>

type       = text
color      = black
label_font = default
label_size = 30p

file = label.txt

r1   = 1r+200p
r0   = 1r

show_links     = yes
# 控制连线的形状
link_dims      = 20p,0p,70p,0p,10p
link_thickness = 2p
link_color     = black

# 控制堆叠情况
label_snuggle             = yes
max_snuggle_distance      = 2r

</plot>

其中label.txt文件格式也相对简单和点图等相同,格式如下:

名称 起始位置 终止位置 标签名称

hs9 2 3 A3GALT2
hs9 11 11 TP3
hs9 11 11 TP5
hs9 11 11 TP6
hs6 2 3 A3GALT2
hs6 11 11 TP5

简单的circos标签已经添加好了,通过四节内容的学习,想必已经对circos图有了一个简单的了解了,后续会陆续添加一些高级绘图方法的讲解。

参考资料:

1.http://circos.ca/documentation/tutorials/2d_tracks/text_1