关于基因组信息可视化的方法有很多，诸如IGV等基因组浏览器，R包之前也介绍了《R 基因突变位点可视化-trackViewer》方法，本文用Gviz，另一个功能强大的R包来展示基因组信息。

Gviz文档非常详细：官方文档


# 安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("Gviz")

一个简单的示例：


library(Gviz)
library(GenomicRanges)

# 加载演示数据
data(cpgIslands)
data(geneModels)


chr <- as.character(unique(seqnames(cpgIslands)))
gen <- genome(cpgIslands)
# 染色体信息
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
# CPG信息
atrack <- AnnotationTrack(cpgIslands, name = "CpG")
gtrack <- GenomeAxisTrack()

# 基因信息展示
grtrack <-
  GeneRegionTrack(
    geneModels,
    genome = gen,
    chromosome = chr,
    name = "Gene Model",
    transcriptAnnotation = "symbol",
    background.title = "brown"
  )

# 基因信息属性
displayPars(grtrack) <-
  list(background.panel = "#FFFEDB", col = NULL)

# 绘图
plotTracks(
  list(itrack, gtrack, atrack, grtrack),
  # 定义属性
  background.panel = "#FFFEDB",
  background.title = "darkblue"
)

更多可以查看官方示例和说明。

参考资料：

1.http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/inst/doc/Gviz.html

阅读: 572