BBTools是用于DNA和RNA测序reads的比对工具，大多数小工具基于shell、java组成，可以处理像Illumina，454，Sanger，Ion Torrent，Pac Bio和Nanopore等数据，支持fastq，fasta，sam，scarf，fasta + qual，压缩或raw文件格式，几乎涵盖了我们常用的诸多操作，BBTools也是开源的，可以无限制免费使用，总体来说常常处理测序数据的小伙伴值得拥有。
BBTools套件包含如下工具：
- BBDuk
- BBMap
- BBMask
- BBMerge
- BBNorm
- CalcUniqueness
- Clumpify
- Dedupe
- Reformat
- Repair
- Seal
- Split Nextera
- Statistics
- Tadpole
- Taxonomy
安装BBTools：
# 下载地址：https://sourceforge.net/projects/bbmap/
# 下载完成后解压
cd (installation parent folder)
# 解压
$ tar -xvzf BBMap_(version).tar.gz
# 所有的脚本都在 (installation directory)/下面示例：
1）建立索引：bbmap.sh ref = contigs.fa
2）构建索引信息到当前目录：bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam
3）同时构建map和index：bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam ref = ref.fa
4）在内存构建索引：bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam ref = ref.fa nodisk
5）将fq文件分成mapping上的和未mapping的fq文件：bbmap.sh in = reads.fq outm = mapped.fq outu = unmapped.fq
6）计算覆盖率：bbmap.sh in=reads.fq covstats=constats.txt covhist=covhist.txt basecov=basecov.txt bincov=bincov.txt
7）输出bam文件（需要安装samtools）：bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.bam
8）生成排序后的的bam文件：bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam bamscript = bs.sh; sh bs.sh
9）要将RNA-seq原始户据映射到基因组：bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam maxindel = 200k ambig = random intronlen = 20 xstag = us
10）快速mapping：bbmap.sh in=reads.fq out=mapped.sam fast
11）统计Reads信息：readlength.sh in=reads.fq
BBTools/BBmap包含近百款测序常用工具，具体大家可以参考官方文档：地址
参考资料：
1.https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/bb-tools-user-guide/
