Meta分析也是近两年的一个热点,漏斗图(Funnel plot)在文献中也很常见,其原理是基于研究效应的精确度与样本量呈正相关,即较小样本量的研究,通常分散的图形底部很宽的范围内,随着样本量的增大,精确度提高,研究的结果则集中在图形上部一个较窄的范围内。漏斗图若两边对称则无明显发表偏倚,两边不对称则可能存在发表偏倚,漏斗图只能提醒是否有偏倚存在,不能提供解决研究问题偏倚的方法,同时对称的漏斗图也不一定是不存在偏倚的,只有提高meta分析的质量和严谨的设计才是避免偏倚的最佳方式。
无意间看到在2013年左右发表的一篇文章介绍了如何绘制漏斗图,和大家分享:
# 需要安装meta包
library(meta)
# http://www.jebm.cn/article/2013/1671-5144-13-5-307.html
# 演示数据采用论文中数据
# 其中“sutdy”表示研究名称,“early.event”、“early.total”、“late.event”、“late.total”分别表示每个研究中早期和晚期应用糖蛋白Ⅱb/Ⅲa抑制剂治疗心肌梗塞溶栓出现事件的人数及研究总人数
study <-
c(
"RELAx-AMI 2007",
"ERAMI 2006",
"REOMOBILE 2004",
"Rakouski 2007",
"Reopro-BRIDGING 2004",
"Zomorman 2002",
"Emre 2006",
"Cutlip 2003",
"On-TIME 2004",
"INTAMI 2005",
"On-TIME 2006"
)
early.event <- c(25, 7, 11, 8, 8, 9, 10, 7, 46, 18, 41)
early.total <- c(105, 40, 48, 25, 28, 56, 32, 23, 243, 53, 171)
late.event <- c(11, 5, 8, 3, 2, 1, 4, 6, 36, 5, 27)
late.total <- c(105, 40, 52, 30, 27, 56, 35, 30, 244, 49, 142)
mydata <-
data.frame(study, early.event, early.total, late.event, late.total)
names(mydata) <-
c("sutdy",
"early.event",
"early.total",
"late.event",
"late.total")
# 计算各种影响因素
mymeta <-
metabin(
early.event,
early.total,
late.event,
late.total,
data = mydata,
studlab = study,
comb.random = TRUE,
# sm 可以选择的方法,这里涉及很多meta分析的名词就不一一解释了
#
# Risk ratio (sm = "RR"),又称相对危险度RR(Relative Risk)(也称为风险比)是前
# 瞻性研究(队列研究)中常用的指标,它是暴露组的发病率与非暴露组的发病率之比,
# 用于说明前者是后者的多少倍,是用来表示暴露与疾病联系强度的指标
#
# Odds ratio (sm = "OR"),优势比,指病例组中暴露人数与非暴露人数的比值除以对照组中暴露
# 人数与非暴露人数的比值
# Risk difference (sm = "RD"),风险差异
# Arcsine difference (sm = "ASD")
# Diagnostic Odds ratio (sm = "DOR")
sm = "OR",
method = "I"
)
# 采用“Harbord”法进行漏斗图的不对称检验, P=0.011 84,说明漏斗图存在明显不对称,存在偏倚
metabias(mymeta)
# 对缺失进行剪补
mytrimfill <- trimfill(mymeta)
# 绘制漏斗图
funnel(
mytrimfill,
comb.fixed = TRUE,
xlab = "Odds ratio",
comb.random = TRUE,
level = 0.95,
contour = c(0.9, 0.95, 0.99),
col.contour = c("darkgreen", "green", "lightgreen")
)
legend(
4.2,
0.05,
c("0.1 > p > 0.05", "0.05 > p > 0.01", "< 0.01"),
fill = c("darkgreen", "green", "lightgreen")
)
未经过剪补的漏斗图(代码未给出,可以结合上面去掉trimfill,直接用mymeta即可得到)
剪补后的附加轮廓线漏斗图如下:
结合原始图和剪补后的附加轮廓线漏斗图,发现本研究需要补4个缺失的研究,而且该4个研究分布在无统计学意义区域(白色区域),提示该Meta分析可能存在发表偏倚。
参考资料:
1.http://www.jebm.cn/article/2013/1671-5144-13-5-307.html