上一篇介绍了Galaxy project分析平台，本篇介绍的GenePattern是另一款强大的基因组学分析平台，该项目由  the University of California、Broad Institute、MIT 主导，其整合了大量的基因表达分析、蛋白质组学分析、SNP分析、流式细胞分析、RNA-seq数据分析以及一些常规的生物信息学分析工具。

GenePattern 采用java为主要语言（需要java环境，建议版本 1.8.0_191 ）和R一些脚本扩展。目前官方展示的模块大约有293个左右，相对 Galaxy project 来说是要少很多。

我们可以用官方提供的平台（ 默认 提供30G的免费空间，需要注册），或者搭建自己的本地Server，现在最新版的已经不支持windows系统了，所以在安装前推荐准备好Linux系统。

下载（老版本支持Win7，不推荐）：访问

1）以Linux为例，下载完成后，先修改文件执行权限


chmod 777 GPserver.b282.bin
# 执行安装
./GPserver.b282.bin

2）安装完成后，访问 http://localhost:8080/gp/ 即可

3）打开后，点击 Browse Modules › 浏览安装模块

官方教程：

用户指导手册：访问（手册内容相对陈旧，建议参考即可）

管理员手册：访问

视频教程：访问（都是在YouTube上，也可以访问GenePattern YouTube channel）

参考资料：

1.https://github.com/genepattern/genepattern-server

2.https://www.genepattern.org/

阅读: 1,088