Spectronaut软件作为蛋白组DIA分析商用最常用的谱图分析软件，其主要特点：
- 深度整合深度学习方法，最新的14版本采用新的
directDIA 2.0library free引擎，使其鉴定率大大提高 - 支持最新的
Thermo FAIMS Pro、Bruker dia-PASEF等最新的质谱方法 - 对队列数据分析做了诸多的改进，比如支持分批次分析然后合并（当然在服务器够用的情况还是推荐一次性跑完）
- 基于windows（目前没有linux版），对用户操作友好，但是对于我们常做队列数据分析来说不太友好
优势方面就不多介绍了，在蛋白质组学它几乎成了DIA数据分析的金标准，当然价格不菲（ 可能这是其主要缺点吧）。官方支持试用，需要发邮件申请，他们回复基本很快。
1）首先，我们安装好 Spectronaut后需要配置缓存目录，这个非常重要，软件默认是C盘，这个很快会占满，建议分配到较大的盘符（最好是固态硬盘）
另一个比较重要的设置是CPU使用，默认是占满的。但是有时我们还同时处理其他的程序或者操作，为了避免卡死建议留一个线程。
2）程序布局方面也很简洁
3）以一个基于library的DIA数据分析为例
首先点击Assign Spectral Library…可以选择文件夹或者单个文件
然后点击 next 添加Library，也可以添加已经建好的DDA库
点击Load后进入分析设置页面
基本上软件会自动判断，一般默认是Dynamic，不用修改。点击Next，会进入fasta文件选择界面，选择合适的 fasta 即可。
下一步，即设计实验，根据你的分组进行修改：
设置完成后进行下一步，选择GO数据库：
最后点击下一步，最后点击Finish即可。
最后有一点需要注意，数据分析完成后记得保存为sne未来可以重复利用和筛选，否则需要重新分析了！！！
参考资料：
1.https://biognosys.com/shop/spectronaut
