R 快速绘制曼哈顿图

提到曼哈顿图，做基因组的小伙伴肯定不陌生了，其通常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP。目前R生态圈中绘制曼哈顿图的R包也有很多，如：qqman、ggman、CMplot、manhplot、ggplot2等。

目前用的比较多的像CMplot和ggplot2使用频率相对比较高，主要原因可能是其定制化程度比较大。除了qqman其他几个包都是基于ggplot2构建。

曼哈顿图本质上是一个散点图或者抖动图，X 轴为染色体编号，Y轴为该位点相关的统计显著性 Pvalue 值或者 FDR 值等

本文以基本的qqman介绍曼哈顿图的绘制：

library(qqman)
library(RColorBrewer)

# 第一列为SNP的名字，
# 第二列CHR为所在染色体(注意：染色体数据类型是整型，如果非数字类型可以修改成数字，后续可以修改坐标轴替换)，
# 第三列BP为染色体上所在位置
# 第四列是对应的P值，你也可以用其他有意义的值
data("gwasResults")

# qqman使用的是plot函数绘制，理论上所有支持plot的参数都适用
manhattan(
  gwasResults,
  main = "Manhattan Plot",
  chr = "CHR",
  bp = "BP",
  snp = "SNP",
  p = "P",
  # 点的大小，作者函数里面和添加SNP注释有冲突，可以选择性展示
  # cex = 0.5,
  # 坐标轴文字大小
  cex.axis = 0.7,
  # 自定义颜色，如果数据有20组，定义5组颜色，颜色会重复4次
  col = brewer.pal(5, "Set3"),
  # 例如此处我重新定义染色体标号
  chrlabs = c(1:20, "X", "Y"),
  # 高亮显示
  highlight = c("rs3056", "rs3054"),
  # 添加参考线
  suggestiveline = -log10(0.01), 
  genomewideline = -log10(0.05),
  # 根据 p-value 阈值对SNP进行注释
  annotatePval = 0.01,
  # 选择前5注释
  annotateTop = 5
)

本文仅做一个抛砖引玉，相对而言，用ggplot2系列更方便定制。

参考资料：

1.https://github.com/YinLiLin/CMplot

2.https://github.com/stephenturner/qqman

3.https://github.com/cgrace1978/manhplot

4.https://github.com/drveera/ggman