Pathview
是一个用于整合组学表达数据并呈现在KEGG通路中的一个R
包。先下载KEGG
官网上的通路图,然后整合输入数据对通路图中的每个基因绘制热图,进行个性化处理。官方提供了Web(https://pathview.uncc.edu/)也有对应的R包,KEGG结合基因表达信息的整合分析可以说是非常方便。
# R包
BiocManager::install("pathview")
在线版也是非常方便,分了三大块,Input&Output
、Graphics
和Coloration
,此处用示例1(Example 1)做演示:
1.Input&Output
:指定输入文件(上传)、输出
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2020/07/image-90-1024x834.png)
Gene数据格式(只能上传txt或者csv文件)如下:
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2020/07/image-91.png)
复合数据(Compound Data,只能上传txt或者csv文件),接受像代谢、药物、小分子数据等:
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2020/07/image-92.png)
2.Graphics
制定图像布局和图例属性
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2020/07/image-94.png)
3.Coloration
调整颜色
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2020/07/image-95.png)
以上三步都设置好后点击Submit
即可。
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2020/07/image-97-1024x174.png)
完成后,点击Analysis Results and logs
查看和下载结果。
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2020/07/image-98-1024x650.png)
KEGG分析利器,推荐!
参考资料:
1.https://pathview.uncc.edu/