利用msconvert转换timsTOF .d文件

msconvert是一个命令行工具，用于在各种质谱原始文件格式到开放格式（如：mzML、mzXML等）之间进行转换。对于Windows用户，msConvertGUI程序也可用于简单的文件转换。下面我们主要介绍如何将timsTOF raw文件转换成mzML。

下载：链接

然后安装，完成后打开界面如下：

然后按照下面方式添加：

1.选择.d文件夹

2.添加文件夹，多个文件请依次添加

3.指定输出目录

4.选择“Combine ion mobility scans”项

5.添加“scanSumming”和“threshold”，具体修改如下

然后点击start开始即可。

命令行版参考：https://evvail.com/2019/12/19/293.html

参考资料：

1.http://www.proteowizard.org/tools/msconvert.html

2.https://msfragger.nesvilab.org/tutorial_convert.html