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Mascot蛋白组数据分析教程

Mascot被誉为质谱数据蛋白质鉴定的标准。虽然现在像Spectronaut、PEAKS等软件也已经成为当下蛋白组学分析的潮流,但是 Mascot 也不失为一款经典的软件,几乎支持所有厂商的数据,如:

  • AB Sciex
  • Agilent
  • Bruker
  • Jeol
  • Shimadzu
  • Thermo Scientific
  • Waters

Mascot数据管理功能强大,支持蛋白质、EST或DNA序列的fasta数据库搜库,自动地将核酸序列翻译为氨基酸序列进行蛋白质的匹配,同时支持多个不同数据库联合搜库功能,快速鉴定包含各类蛋白信息的质谱谱图等,当然 Mascot 也是商业软件。其官方教程也是值的我们来学习蛋白组学的基本原理。

如下是官方不同版本的一个关于 Mascot Server的培训教程,是一个很好的范例。

ModuleMascot 2.3Mascot 2.4Mascot 2.5
A. IntroductionPDFPDFPDF
B. Search ParametersPDFPDFPDF
C. Sequence DatabasesPDFPDFPDF
D. ModificationsPDFPDFPDF
E. Scoring and StatisticsPDFPDFPDF
F. Large SearchesPDFPDFPDF
G. Mascot DistillerPDFPDFPDF
H. Sequence QueriesPDFPDFPDF
I. Mascot DaemonPDFPDFPDF
J. QuantitationPDFPDFPDF
K. Sequence Database AdministrationPDFPDFPDF
L. Administration and ConfigurationPDFPDFPDF

质谱产出的蛋白质鉴定数据进行结果鉴定、潜在后修饰分析以及搜库策略优化,可以根据需求采用商业软件Mascot、 Spectronaut 、Proteinpilot等以及非商业软件X!Tandem、OMSSA、Inspect、MaxQuant、OpenMS等进行数据鉴定。

参考资料:

1.http://www.matrixscience.com/training_webcast.html


作者:陈浩


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1 评论

  1. 陈浩

    2020/6/26 在 18:09

    Mascot也提供免费的在线搜索http://www.matrixscience.com/search_form_select.html

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