Mascot被誉为质谱数据蛋白质鉴定的标准。虽然现在像Spectronaut、PEAKS等软件也已经成为当下蛋白组学分析的潮流，但是 Mascot 也不失为一款经典的软件，几乎支持所有厂商的数据，如：
- AB Sciex
- Agilent
- Bruker
- Jeol
- Shimadzu
- Thermo Scientific
- Waters
Mascot数据管理功能强大，支持蛋白质、EST或DNA序列的fasta数据库搜库，自动地将核酸序列翻译为氨基酸序列进行蛋白质的匹配，同时支持多个不同数据库联合搜库功能，快速鉴定包含各类蛋白信息的质谱谱图等，当然 Mascot 也是商业软件。其官方教程也是值的我们来学习蛋白组学的基本原理。
如下是官方不同版本的一个关于 Mascot Server的培训教程，是一个很好的范例。
| Module | Mascot 2.3 | Mascot 2.4 | Mascot 2.5 |
|---|---|---|---|
| A. Introduction | |||
| B. Search Parameters | |||
| C. Sequence Databases | |||
| D. Modifications | |||
| E. Scoring and Statistics | |||
| F. Large Searches | |||
| G. Mascot Distiller | |||
| H. Sequence Queries | |||
| I. Mascot Daemon | |||
| J. Quantitation | |||
| K. Sequence Database Administration | |||
| L. Administration and Configuration |
质谱产出的蛋白质鉴定数据进行结果鉴定、潜在后修饰分析以及搜库策略优化，可以根据需求采用商业软件Mascot、 Spectronaut 、Proteinpilot等以及非商业软件X!Tandem、OMSSA、Inspect、MaxQuant、OpenMS等进行数据鉴定。
参考资料：
1.http://www.matrixscience.com/training_webcast.html
陈浩
Mascot也提供免费的在线搜索http://www.matrixscience.com/search_form_select.html