一般安装生信软件我们可以利用docker(已经封装好的镜像)或者利用bioconda(已经编译好的包)来解决,基本上大部分问题都可以解决。
生信环境部署(95%的软件)= Docker + Conda解决
生信环境部署(5%的软件)= 这种情况主要大部分可能是应对老旧的服务器/电脑
其中应对老旧的服务器或者软件,一个最重要的环节就是Gcc的安装,不同版本的Gcc可能直接会导致安装的成败(安装过不同版本Gcc的小伙伴可能会有很深刻的印象)。
这个过程我们最好的方法是借用conda来部署会便捷一些,首先我们可以从
https://anaconda.org/search?q=gcc搜索我们需要的gcc环境,然后根据检索结果找到对应的含有GNU C Compiler
的仓库,点击进去按照提供命令部署环境即可,这样可以针对多个软件编译而不造成冲突(编译时建议编译成静态文件,方便在同类系统或者环境下转移部署)。
如:我需要安装4.9版本Gcc,则搜索
执行如下命令即可,添加create目的是为了创建一个名字叫gcc49的环境,以便未来切换环境:
conda create -n gcc49 -c remenska gcc_49
参考资料:
1.https://anaconda.org/search?q=gcc
2.https://hub.docker.com/search?q=&type=image