UCSC Xena是一个集分析、可视化、数据集下载等功能的在线数据分析和可视化平台。

现有142个队列的1604个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等,不同的数据集之间精不同的标准化方法可以相互比较。

数据集下载地址:https://xenabrowser.net/datapages/

下面根据官方文档简单介绍 UCSC Xena 的使用方法:

1)生存分析

2)比较不同组织类型的tumor和 normal情况(可选择某个基因的表达进行可视化展示)

第一步筛选需要的信息

第二步,进行可视化差异分析

Xena是一款非常强大的公开数据集挖掘神器,本文主要对其常用功能做了简单介绍,更多个性化的分析,请参考下方链接。

参考资料:

1.http://xena.ucsc.edu/

2.https://xenabrowser.net/datapages/

3.https://ucsc-xena.gitbook.io/project