DEBrowser基于Shiny创建了一个交互式用户界面（UI）差异分析工具。用户可以自由选择数据进行分析并进行可视化操作。

DEBrowser整合了常用的差异分析工具，如：limma、DESeq2、EDGeR等，详细比较见下图：

  • MeV：http://www.tm4.org/mev.html
  • Chipster：http://chipster.csc.fi/manual/
  • Galaxy：https://usegalaxy.org/
  • CummeRbund：http://compbio.mit.edu/cummeRbund/manual_2_0.html

下面简单介绍 DEBrowser 的安装和使用：


# 1. 安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("debrowser")

# 2. 加载

library(debrowser)

# 3. 打开DEBrowser

startDEBrowser()

总体来说使用非常简单，此处主要介绍本工具，就不再赘述使用方法。使用图片展示基本分析步骤供参考：

1）上传/加载演示数据：

2）数据过滤，过滤低质量的Count

3）批次校正

4）差异分析

差异分析主要包含可视化和GO、KEGG分析

总体来说涵盖了常规的所有的分析工具和内容，推荐使用。

参考资料：

1.http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/debrowser/inst/doc/DEBrowser.html

阅读: 598