DEBrowser基于Shiny创建了一个交互式用户界面(UI)差异分析工具。用户可以自由选择数据进行分析并进行可视化操作。

DEBrowser整合了常用的差异分析工具,如:limma、DESeq2、EDGeR等,详细比较见下图:

  • MeV:http://www.tm4.org/mev.html
  • Chipster:http://chipster.csc.fi/manual/
  • Galaxy:https://usegalaxy.org/
  • CummeRbund:http://compbio.mit.edu/cummeRbund/manual_2_0.html

下面简单介绍 DEBrowser 的安装和使用:


# 1. 安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("debrowser")

# 2. 加载

library(debrowser)

# 3. 打开DEBrowser

startDEBrowser()

总体来说使用非常简单,此处主要介绍本工具,就不再赘述使用方法。使用图片展示基本分析步骤供参考:

1)上传/加载演示数据:

2)数据过滤,过滤低质量的Count

3)批次校正

4)差异分析

差异分析主要包含可视化和GO、KEGG分析

总体来说涵盖了常规的所有的分析工具和内容,推荐使用。

参考资料:

1.http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/debrowser/inst/doc/DEBrowser.html