DEBrowser基于Shiny创建了一个交互式用户界面(UI)差异分析工具。用户可以自由选择数据进行分析并进行可视化操作。
DEBrowser整合了常用的差异分析工具,如:limma、DESeq2、EDGeR等,详细比较见下图:
![](http://bioinfo.umassmed.edu/pub/debrowser/imgs/figure_40.png)
- MeV:http://www.tm4.org/mev.html
- Chipster:http://chipster.csc.fi/manual/
- Galaxy:https://usegalaxy.org/
- CummeRbund:http://compbio.mit.edu/cummeRbund/manual_2_0.html
下面简单介绍 DEBrowser 的安装和使用:
# 1. 安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("debrowser")
# 2. 加载
library(debrowser)
# 3. 打开DEBrowser
startDEBrowser()
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2021/02/image-14-1024x480.png)
总体来说使用非常简单,此处主要介绍本工具,就不再赘述使用方法。使用图片展示基本分析步骤供参考:
1)上传/加载演示数据:
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2021/02/image-15.png)
2)数据过滤,过滤低质量的Count
![](http://bioinfo.umassmed.edu/pub/debrowser/debrowser_pics2/filtering.png)
3)批次校正
![](http://bioinfo.umassmed.edu/pub/debrowser/debrowser_pics2/batch_PCA.png)
![](http://bioinfo.umassmed.edu/pub/debrowser/debrowser_pics2/batch_IQR.png)
![](http://bioinfo.umassmed.edu/pub/debrowser/debrowser_pics2/batch_density.png)
4)差异分析
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2021/02/image-17-1024x290.png)
差异分析主要包含可视化和GO、KEGG分析
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2021/02/image-18.png)
![](http://bioinfo.umassmed.edu/pub/debrowser/debrowser_pics2/example_main_plots.png)
![](https://evvail.com/wp-content/uploads/2021/02/image-19.png)
![](http://bioinfo.umassmed.edu/pub/debrowser/debrowser_pics2/datatable.png)
总体来说涵盖了常规的所有的分析工具和内容,推荐使用。
参考资料:
1.http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/debrowser/inst/doc/DEBrowser.html