ggplot2系列发展至今已经形成了非常庞大的生态圈，其中gggenes是一个绘制基因结构图的好助手，和ggplot2嵌套使用。用法也非常简单，下面可以简要说明其使用：


library(ggplot2)
# 安装：install.packages("gggenes")
# 安装开发版：devtools::install_github("wilkox/gggenes")
library(gggenes)

其中gggenes自身附带了演示数据：

head(example_genes)

  • molecule：基因组信息
  • gene: 基因名
  • start: 基因在基因组开始位置
  • end: 基因结束位置
  • strand: 基因属于正/负（反）条链
  • orientation: 基因绘制方向

library(ggplot2)
# 安装：install.packages("gggenes")
library(gggenes)

# 查看演示数据
head(example_genes)

# 绘图
ggplot(example_genes,
       # 定义坐标轴信息
       aes(
         xmin = start,
         xmax = end,
         y = molecule,
         fill = gene,
         label = gene
       )) +
  # 定义基因箭头信心
  geom_gene_arrow(arrowhead_height = unit(3, "mm"),
                  arrowhead_width = unit(1, "mm")) +
  # 定义基因标签
  geom_gene_label(align = "left") +
  # 分面，每个基因组分别绘制
  facet_wrap( ~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +
  # 颜色设置
  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
  theme_genes()

还有更多的个性化绘制参数，比如：显示基因的指定区域，如外显子、或翻译为特定功能域的区域等都是可以的，具体可以参看参考资料学习、了解。

参考资料：

1.https://wilkox.org/gggenes/index.html

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