eggNOG数据库（http://eggnog5.embl.de/#/app/home）是NCBI的COG数据库（Clusters of Orthologous Groups of proteins，可以对预测蛋白进行功能注释、归类以及蛋白进化分析）的扩展，它收集了了5090个生物（真核生物、代表性细菌和古菌）和2502个病毒的全基因组蛋白序列（其中原核生物的一般称为COG数据库；真核生物的一般称为KOG数据库）。

eggNOG不仅提供了本地化软件，也提供了网页工具进行注释。

1）网页版

网址：http://eggnog-mapper.embl.de/

网页端操作简单，按照提示操作提交任务，任务完成后会通过邮件通知用户结果，eggNOG整个工作流程如下：

来自eggnog-mapper.embl.de

2）本地安装

需要安装python2.7和DIAMOND软件（建议用conda安装）

需要硬盘空间大小：

  • eggNOG注释数据库：~40GB
  • eggNOG序列fasta文件：~10GB

软件下载：

  • eggnog：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper
  • eggnog数据库：http://eggnogdb.embl.de/download/
  • diamond：https://github.com/bbuchfink/diamond/
  • HMMER3：http://www.hmmer.org/download.html
  • Anaconda3：https://repo.anaconda.com/archive/

软件安装完成后，需要加入环境变量。

下载数据库，用download_eggnog_data.py即可，脚本会自动将注释数据下载到data/目录下面。

部署完成后可以用以下命令测试：


# 测试命令
python emapper.py -i test/p53.fa --output p53_maNOG -m diamond
# 查看帮助信息
python emapper.py --help

输出注释文件包含下面列信息：


1. query_name
2. seed eggNOG ortholog
3. seed ortholog evalue
4. seed ortholog score
5. Predicted taxonomic group
6. Predicted protein name
7. Gene Ontology terms 
8. EC number
9. KEGG_ko
10. KEGG_Pathway
11. KEGG_Module
12. KEGG_Reaction
13. KEGG_rclass
14. BRITE
15. KEGG_TC
16. CAZy 
17. BiGG Reaction
18. tax_scope: eggNOG taxonomic level used for annotation
19. eggNOG OGs 
20. bestOG (deprecated, use smallest from eggnog OGs)
21. COG Functional Category
22. eggNOG free text description

参考资料：

1.http://eggnog-mapper.embl.de/

2.https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2#Installation

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