之前文章介绍了Nextflow：《Nextflow-完整pipeline编写执行利器》，nf-core就是基于Nextflow开发的一个生物信息平台，包含如：scRNA-seq、RNA-seq、Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq等流程，每种流程都配有相应的文档和示例：

目前截止2020年11月，共有发布版本26个，开发中的流程15个，归档4个。基本上涵盖了当前生物信息数据分析大部分的pipeline。

安装nf-core也非常的简单：


# 首先安装java，确保Java v8+
# 安装Nextflow

curl -s https://get.nextflow.io | bash
mv nextflow ~/bin/

# 案例
# 加载 RNAseq pipeline
nextflow run nf-core/rnaseq \
    -profile docker \
    --genome GRCh37 \
    --reads "data/*_{R1,R2}.fastq.gz"

# 安装nf-core
pip install nf-core

# 查看nf-core已有流程或者最新可用版本
nf-core list

# 命令

nf-core list ：列出可用pipeline
nf-core launch ：交互式运行一个pipeline
nf-core download ：下载pipeline供离线使用
nf-core licences ：查看pipeline中软件许可
nf-core create ：从nf-core工作了模版创建一个新pipeline
nf-core lint ：根据nf-core指南检查pipeline
nf-core schema ：使用pipeline架构文件
nf-core bump-version ：更新nf-core pipeline版本号
nf-core sync ： 同步pipeline TEMPLATE到分支

其他命令需要参考Nextflow命令以及其特性。可以这样理解，Nextflow是实现这些pipeline的基础，nf-core是建立了一个生信分析流程的平台和定义了一些标准。总之，nf-core是生物信息平台架构的一个很好的典范。

参考资料：

1.https://nf-co.re/

2.https://github.com/nf-core/

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