Bioperl是一个基于perl语言环境开发的一款适合于基因组、生命科学研究的一款工具集。和biopython类似《Biopython-计算分子生物学工具集》,下面对其进行的简单介绍:

安装(需要先安装perl语言环境):

perl下载安装:https://www.perl.org/get.html

bioperl安装(bioperl包含了很多子包,按需安装):


# 或者访问https://github.com/bioperl/bioperl-live下载最新源码
cpan Bio::Perl

bioperl的文档和示例也相对很完善(点击link直达官网):

bioperl支持的文件格式:

文档中包含了很多可用示例,此处不在赘述。在bioperl和biopython之间,个人比较偏向于bioperl,其主要原因还是perl在文本处理方面还是强于python的。当然我也推荐学习biopython,两者各有千秋。

参考资料:

1.https://bioperl.org/howtos/index.html

2.https://github.com/bioperl/