论绘图方法那家强？当然编程语言还看R-ggplot2，作为骨灰级科研绘图包-ggplot2除了可以绘制我们所熟知的几十种可视化图表（目前ggplot2生态圈扩展包已经有79个，统计时间2020.09.28 23:43），还可以绘制各种生物模型图，如：gganatogram （绘制人体、鼠模型）、choropleths（人体棍棒模型）、ggseg（绘制大脑区域）等等。

ggseg主要包含以下两个大脑图谱数据：

  1. dk – Desikan-Killany atlas (aparc)
  2. aseg – Automatic subcortical segmentation

安装：


# 建议安装正式版
# https://github.com/LCBC-UiO/ggseg/releases
# 直接用remotes::install_github("LCBC-UiO/ggseg", build_vignettes = TRUE)安装可能会导致失败

ggseg()默认图例如下：

下面介绍其简单使用：


# 示例1：绘制不同区域显著程度
library(ggseg)
library(dplyr)

# 创建演示数据
someData = data.frame(
  # 大脑区域
  region = c("transverse temporal", "insula",
           "pre central","superior parietal"), 
  # p值
  p = sample(seq(0,.5,.001), 4),
  stringsAsFactors = FALSE)
# 指定绘制右半边大脑
someData$hemi = "right"

# 绘图
ggseg(.data=someData, colour="white", hemisphere = "right",
      mapping=aes(fill=p)) +
  theme_void() +
  # 颜色梯度
  scale_fill_gradient(low="firebrick",high="goldenrod") +
  labs(title="Aparc plots rule")
library(ggseg)
library(ggplot2)
library(dplyr)

# 示例2:绘制脑区对比图
someData = data.frame(
  region = rep(
    c(
      "transverse temporal",
      "insula",
      "pre central",
      "superior parietal"
    ),
    2
  ),
  p = sample(seq(0, .5, .001), 8),
  AgeG = c(rep("Young", 4), rep("Old", 4)),
  stringsAsFactors = FALSE
)

someData %>%
  group_by(AgeG) %>%
  ggseg(atlas = dk,
        colour = "white",
        mapping = aes(fill = p)) +
  facet_wrap( ~ AgeG, ncol = 1) +
  theme(legend.position = "bottom") +
  scale_fill_gradientn(colours = c("royalblue", "firebrick", "goldenrod"),
                       na.value = "grey")

参考资料：

1.https://lcbc-uio.github.io/ggseg/index.html

2.https://github.com/LCBC-UiO/ggseg

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