pFind studio的主要核心是 pFind(文章刊登在了NBT,算是生信领域的顶级期刊)。用官方介绍来说,pFind是目前国内唯一的具有自主知识产权的蛋白质鉴定引擎,是由中科院计算所pFind团队迟浩老师主导开发了蛋白质鉴定引擎pFind,以及一系列质谱数据分析软件:
软件 | 描述 |
---|---|
pFind | Peptide and protein identification from tandem mass spectra. |
pLink | Chemically cross-linked proteins or protein complexes analysis using mass spectrometry. |
pGlyco | Intact glycopeptides analysis using mass spectrometry. |
pNovo | De novo sequencing of peptides from MS/MS data without any databases. |
pTop | Intact protein analysis using mass spectrometry. |
pQuant | Peptide and protein quantitation analysis. |
pAnno | Proteogenomic analysis tools based on the MS/MS searching results. |
pLabel | Mass spectral peak labeling tool developed for proteomics research. |
pXtract | Text-plain spectra extraction from vendor’s MS/MS data formats. |
pParse | Extraction and Caliburation of monoisotopic peaks of precursors in MS/MS datasets. |
pFind工作流:
下载:访问连接( 2020-01-02 )
目前pFind仅仅支持Windows系统, pFind studio 整合了上面提到的诸多小工具,并集成了一个GUI可视化操作界面,极大的降低的操作门槛:
PFind目前是免费的,需要邮件pfind@ict.ac.cn
申请License, pFind团队很快会回复的。
本来想简单写一下其操作教程,发现迟浩老师们的手册已经很完善了,建议操作参考官方手册:
参考资料:
1.http://pfind.ict.ac.cn/software/pFind3/index.html