最近两年兴起了很多DIA分析的软件，尤其是Library free的方法，像PECAN、Prosit、DIA-NN等基于深度学习的方法，但是不得不说一个方法DIA-Umpire，利用了多肽在MS1下的打碎效率非100%的一个特点，即部分未碎片化的多肽和碎裂后的子离子也会进入MS2，然后基于RT计算一个相关性从而推导出可能的对应的母离子（多肽）和子离子的关系，从而构建一个虚拟的Library，后续的分析就和常规的DIA分析一样了，大名鼎鼎的Spectronaut的Library free就是基于此方法。
这里面提到了DIA数据的分析两种策略：
1）一种是试图将肽与单个谱图(以谱图为中心，Spectrum-Centric)匹配，DDA方式，直接用多肽序列和单个谱图进行Match；
2）另一种是试图检测数据文件中某个给定的肽(以肽为中心，Peptide-Centric)匹配，DIA方法，是基于Libray检测给定的多肽（我的理解是碎片肽段离子和多肽的一个匹配）。
DIA-Umpire主要原理：
简单来说，就是我们分析DDA直接用fasta是因为，DDA的窄的窗口很大程度上的保留了MS1和MS2的对应关系，我们直接用Fasta序列和单个谱图进行Match就可以得到多肽和蛋白的信息，但是DIA分析中这种关系就不存在了；DIA-Umpire巧妙的利用多肽在MS1下的打碎效率非100%的一个特点 ，计算出MS1和那些未碎片化的多肽的一个相关性，从而间接找出MS1和MS2的对应关系，通过这种方式建立一个假库（Pseudo-Library），从而实现Library free的方式，不得不说这个方法是非常的巧妙的。
主要包含了以下几个模块：
下面是它的一个简单的工作流程：
方法和思路都较为经典，学习Library free的很好的素材。
参考资料：
1.https://diaumpire.nesvilab.org/
2.https://github.com/Nesvilab/DIA-Umpire
3.https://sourceforge.net/projects/diaumpire/files/
4.https://github.com/cctsou/DIA-Umpire
5. Tsou, C., Avtonomov, D., Larsen, B. et al. DIA-Umpire: comprehensive computational framework for data-independent acquisition proteomics. Nat Methods12, 258–264 (2015).
