时间序列相关的软件在生物学研究相对比较少见（ 主要可能是我接触的比较少），金融行业对时间序列的研究就非常多了，之前的一篇文章介绍了Mfuzz通过软聚类的方法来研究类似时间序列找出关键的cluster的方法也是非常不错的研究思路。
今天主要介绍STEM的简单使用，STEM由java语言编写而成（需要java环境，java 1.4+）的可视化操作的分析软件，主要是用于对短的时间序列的基因表达数据(少于或等于8个时间点)进行聚类、比较和可视化，整体来说操作非常简单，主要含有两个输入和一个选项、以及一个执行模块：
下载地址：http://www.sb.cs.cmu.edu/stem/stem.zip
手册下载：http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/STEMmanual.pdf
1）运行软件，输入时间序列的表达数据
g27_1.txt数据文件的格式（ 注意 ：Spot列是序号列，如果你不想手动添加，不选择Spot IDs included in the data file选项），如下：
我们也可以选择数据预处理方式：
2）注释信息
这一块，软件本身可以下载官方的数据库，也可以自己提供注释数据，如果使用中不了解此选项含义，点击后面的问号有详细的解释。
3）选项设置
可以设置聚类方法、可接受的基因簇最大数目等，高级选项有更详细的设置，一般来说默认就好。
4）点击运行即可得到表达趋势发生显著性变化的基因聚类图
我们点击各个cluster，可以查看每个基因簇的表达趋势情况
点击Profile Gene Table即可查看每个基因/蛋白的表达情况。
总体来说使用非常方便，本文没有用GO/其他注释文件，大家也可以结合GO做后续的分析。
参考资料：
1.http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/
