单细胞测序是近两年生命科学邻域的一个热点,主要涉及单细胞基因组测序和转录组测序两个方面。单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)是指在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术,其原理是将分离的单个细胞中微量的mRNA通过扩增后再进行高通量测序。

scRNA-seq能够有效解决组织样本细胞异质性以及常规Bulk RNA-seq测序中被掩盖的细胞群内的转录组异质性难题,可以帮助科学家发现新的细胞类型,以及更加深入的了解掌握细胞生长过程中的表达调控机制。

对于部分刚深入学习scRNA-seq的人(我最近也学习单细胞相关的分析,做了简单的汇总)这些课程也相对比较基础,推荐给大家:

1)来自剑桥大学的单细胞转录组课程:

网址:https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/introduction-to-single-cell-rna-seq.html

2) Bioconductor出品的关于单细胞分析的在线资料

网址:https://osca.bioconductor.org/introduction.html

github:https://github.com/Bioconductor/OrchestratingSingleCellAnalysis-release

3)哈佛大学单细胞培训课程

网址:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/schedule/

github:https://github.com/hbctraining/scRNA-seq

4)来自 NBIS, ELIXIR-SE 和 Helsinki 大学的培训教程

网址:https://www.csc.fi/web/training/-/scrnaseq

5) scater教程

网址:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scater/inst/doc/overview.html

6)monocle3教程

网址:https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/

文档:https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/starting/

7)Seurat教程

网址:https://satijalab.org/seurat/vignettes.html

参考资料:

1.https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk

2.https://osca.bioconductor.org

3.https://www.csc.fi/web/training/-/scrnaseq

4.http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.html

5.https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/

6.https://satijalab.org/seurat/vignettes.html

7.https://github.com/hbctraining/scRNA-seq