利用clusterProfiler实现蛋白名称、基因名称等ID快速转换

clusterProfiler 是一个非常好用的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reactome pathway analysis以及GSEA富集分析等。而除了富集分析，它还可以非常方便的做蛋白、基因等ID之间的转换。

# 安装R包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

以人的蛋白、基因名之间的转换为例：

# 加载R包
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)

查看org.Hs.eg.db数据库中支持多少类ID的转换：

以Uniport ID转换为例

gene <- bitr(
  c("P04114", "P01024"),
  fromType = "UNIPROT",
  toType = c("UNIPROT", "ENSEMBL", "SYMBOL", "ENTREZID"),
  OrgDb = org.Hs.eg.db
)

当然，我们也可以尝试其他ID的转换，本文点到为止。

参考文章：

1.http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.html