Primer3 是批量设计引物的最佳利器，它的核心程序调用 Primer3_core，下面是基本用法：
primer3_core [ -format_output ] [ -default_version=1|-default_version=2 ] [ -io_version=3|-io_version=4 ] [ -p3_settings_file= ] [ -echo_settings_file ] [ -strict_tags ] [ -output= ] [ -error= ] [ input_file ]参数简析：
*-format_output 让 primer3_core 产生人类易读的结果，否则产生机器易读的结果。
-default_version=n 默认设置为n=2，让primer3使用最新的默认设置；n=1则让程序使用 2.23 或之前版本的设置
-io_version=n n=3时，软件向低版本兼容；n=4是默认设置，能使用2.0版本和以后版本一些新功能。
-p3_settings_file=file_path 指定primer_core的设置文件，该设置文件的设定取代默认设置。当然，input file的设置也能取代这个文件的设置。
-echo_settings_file 打印出p3_settings_file中的设置信息。如果没有指定设置文件，或含有-format_output，则该参数失效
-strict_tags 要求严格的标签。如果设置文件中的标签不能被机器识别，则产生重大错误。
-error=file_path 指定错误信息输出路径，如果不指定，则输出到stderr中。
*-output=file_path 指定输出文件路径，如果不指定，则输出到标准输出。
*input_file 配置文件
配置文件：
即为Boulder-IO格式的，每一个引物设计的记录的结尾以“=\n”进行分隔。
SEQUENCE_ID=example. #序列名字
SEQUENCE_TEMPLATE= #序列模版链，方向5’-3‘，早期版本为 SEQUENCE
SEQUENCE_INCLUDED_REGION= start,length #从第strat起，到后面length长度序列中设计引物
PRIMER_TASK=generic
PRIMER_NUM_RETURN=100 #引物最大返回数量
PRIMER_DNA_CONC=500
PRIMER_DNTP_CONC=0.8
PRIMER_SALT_CORRECTIONS=1
PRIMER_SALT_MONOVALENT=50
PRIMER_SALT_DIVALENT=1.5
PRIMER_MAX_END_GC=2
PRIMER_MIN_GC=35
PRIMER_MAX_GC=65
PRIMER_MIN_TM=58
PRIMER_MAX_TM=64
PRIMER_OPT_TM=60
PRIMER_MIN_SIZE=20
PRIMER_MAX_SIZE=26
PRIMER_OPT_SIZE=22
PRIMER_PAIR_MAX_DIFF_TM=2
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-180 ##引物长度范围 PRIMER_PICK_ANYWAY=1
常见错误：
PRIMER_ERROR=Missing SEQUENCE tag错误
原因：早期版本的模板不兼容导致，请使用前查看模板的example文件查看参数设置。早期版本使用SEQUENCE，新版本使用SEQUENCE_TEMPLATE，注意区分。
新旧版本模板参数对比：
官方手册下载：
参考资料：
1.https://github.com/primer3-org
2.http://bioinfo.ut.ee/primer3/
3.http://www.chenlianfu.com/?p=284
