之前的文章介绍了诸如OpenSWATH、DIA-NN等分析软件作为开源免费的质谱搜库软件。今天主要介绍Encyclopedia，另一款DIA数据分析软件，主要功能是分析基于Library 的DIA数据搜索。同时 Encyclopedia 也包含了 Thesaurus、Walnut等也支持DDA数据和磷酸化质谱数据的分析。
整个软件是基于java写的，所以运行该软件你需要java环境（1.8以上即可）：
下面简单介绍Encyclopedia参数：
1）在开始搜库前需要添加指定DIA搜库所需要的Library，一般.ELIB (chromatogram library) 或者 .DLIB (spectrum library)都是支持的，另一个是fasta文件（ background ）
libray也可以通过主界面 Convert 转换（注：0.9.5版本对maxquant 1.6.10+以上版本支持不兼容，我已经向Brain提交BUG fixed，已经被merge，后续更新会支持）
2）其他参数介绍：
Target/Decoy Approach：一般情况下我们选择Target/Decoy的比例接近1：1(默认)，我们也可以根据需求添加额外的Decoy肽段。
Data Acquisition Type：指定“Overlapping DIA” 或者 “Non-Overlapping DIA”，选择是否处理重叠窗口DIA。一般建议在MSconvert中指定重叠窗口的转换方法在 Encyclopedia 中选择 Non-Overlapping DIA 。
Enzyme：支持几种常见的消化酶
Fragmentation:：一般情况下，我们建议使用CID/HCD (B/Y)离子对。然而，如果你的Library特别大的话你可以通过“HCD (y- only)”得到改进的结果。
Precursor/Fragment/Library Mass Tolerance：指定允许偏差，单位ppm，
Percolator Version：推荐Percolator 3.1
Number of Quantitative Ions：定量离子数，推荐为5
Minimum Number of Quantitative Ions：最小定量离子，推荐为3
Number of Cores：占用CPU资源数量
3）配置完成后，添加mzML质谱数据文件
添加后自动开始搜库，总体来说操作非常便捷，定量结果也优于市场上某些收费软件，值得大家一试。
下面是官方指导手册
| 稳定版本 | 发行时间 | 日志 |
|---|---|---|
| encyclopedia-0.9.5 | 2020-06-05 | 添加 Thesaurus |
| encyclopedia-0.9.0 | 2019-06-27 | 支持 Prosit libraries |
| encyclopedia-0.8.1 | 2019-01-13 | 常规更新 |
| encyclopedia-0.8.0 | 2019-01-04 | 改进的文件转换，新的可视化，更新通知等 |
| encyclopedia-0.6.14 | 2018-03-02 | 初始版本 |
考资料：
1.https://bitbucket.org/searleb/encyclopedia/wiki/Home
