CircInteractome（Cirular RNA interactome）在线工具是一个非常强大的circRNA研究工具，包含了以下几个特色功能：

  • 搜索circRNAs名称
  • 搜索 circRNA 的基因组位置和最佳匹配转录本
  • 检索基因组和成熟的 circRNA 序列
  • 搜索与 circRNA 和 circRNA 上游/下游序列结合的 RBP（ RNA-binding proteins ）
  • 识别与 circRNA 连接点结合的 RBP（ RNA-binding proteins ）
  • 识别靶向 circRNA 的 miRNA
  • 为 circRNA 设计不同的引物
  • 设计特定于 circRNA 的 siRNA

数据库构建的框架如下：

整个web工具使用也非常简单：

1）搜索circRNA在基因组上的位置及结合的蛋白

2）查询circRNA 上的RNA结合蛋白信息

3）circRNA 结合的miRNA信息

4）设计circRNA引物

5） circRNA的siRNA 序列

CircInteractome基本上涵盖了 circRNA 的方方面面，研究 circRNA 的朋友们可以收藏了。

CircInteractome-A-web-tool-for-exploring-circular-RNAs-and-their-interacting-proteins-and-microRNAs下载

参考资料：

1. Dudekula DB, Panda AC, Grammatikakis I, De S, Abdelmohsen K, Gorospe M. CircInteractome: A web tool for exploring circular RNAs and their interacting proteins and microRNAs. RNA Biol. 2016;13(1):34-42. doi: 10.1080/15476286.2015.1128065. PMID: 26669964; PMCID: PMC4829301.

2.https://circinteractome.nia.nih.gov/index.html

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