motif分析神器-MEME Suite

MEME 是一款用于研究 Motif 的 组合工具套。包含多个小工具，如 MEME、 CentriMo、 FIMO、 STREME、 AME、 MAST 等等。

MEME工具套的功能全面，包括挖掘 Motif（Motif Discovery）、富集 Motif（Motif Enrichment）、查询Motif（Motif Scanning）、比较Motif（Motif Comparison）、 基因调控（Gene Regulation）预测基因组位点和基因之间的调控联系 。

每个工具都可以可视化操作，也可以通过编译源代码进行命令行操作，非常方便。

1）下载最新版本软件：

数据库：

• Motif Databases (updated 14 Dec 2020)
• GOMo Databases (updated 17 Feb 2015)
• T-Gene Databases (updated 12 Oct 2019)

2）文档及使用说明手册（官方提供了完整的说明文档）

• Motif Discovery
• Motif Enrichment Analysis
• Motif Search
• Motif Comparison
• Gene Regulation
• Additional Primary Tools
• Motif Format Conversion Scripts
• File Format Conversion Utilities
• FASTA Sequence Utilities
• Other Utilities
• File Formats
• Guides and Tutorials

官方同时提供了一些 Motif 格式转换的脚本文件 ，非常方便：https://meme-suite.org/meme/doc/motif_conversion.html

3）输出及结果

发现的Motif信息以及可视化展示：

Motif在序列上的位置信息：

一些信息统计 ：

参考资料：

1.https://meme-suite.org/meme/

2.https://meme-suite.org/meme/doc/examples/meme_example_output_files/meme.html?man_type=web