R 绘制复杂网络图-netbiov

NetBioV (Network Biology Visualization) 主要用来绘制医学、生物方面的大型网络图，基于R语言开发，文章于2014年发表在bioinformatics上。

对比目前流行的网络图可视化方案：

netbiov展示效果是很非常炫的，一睹为快：

安装netbiov：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("netbiov")

示例：

library(netbiov)

# 加载演示数据
data("PPI_Athalina")
data("color_list")

# 绘图
id <-
  plot.modules(
    g1,
    # 布局
    layout.function = c(
      layout.fruchterman.reingold,
      layout.star,
      layout.reingold.tilford,
      layout.graphopt,
      layout.kamada.kawai
    ),
    # 颜色设置
    modules.color = sample(color.list$bright),
    # 图像缩放
    sf = 40,
    tkplot = FALSE
  )

更多示例，可以参考资料2进行学习了解。

参考资料：

1.http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/netbiov.html

2.http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/netbiov/inst/doc/netbiov-intro.pdf