批量替换文件中字符-如：`chr`

很久前遇到的一个问题，今天又偶然想起和大家分享，就是我们使用gtf做注释在比对或者组装基因、转录本的时候回报错，时常是因为基因组时和ref不对应（比如建立索引时有chr，组装时gtf没有chr等；其中hisat2等软件可以用参数设置来避免：–remove-chrname和–add-chrname）

下面我们用perl来快速替换chr和添加chr：

如上，gtf文件中染色体没有chr只是数字，我用命令行来添加chr

# 直接修改，无备份
perl -pi -e 's/^(\d+)/chr$1/' test.gtf

# 修改，且保留备份.bak,注意-i和.bak之间不用空格
perl -p -i.bak -e 's/^(\d+)/chr$1/' test.gtf

其中参数：

-i extension：在使用 循环遍历文件时启用原位编辑模式。 如果没有规定扩展名的话，则原位修改各行内容，否则使用扩展名来修改输入文件名(以便充当备份文件)，并使用原位编辑的原文件名创建输出文件。

-p：使 Perl 隐式地循环遍历指定的文件，同时打印所有的行。

-e command：用于再命令行而不是在脚本中执行 Perl 命令。

同理我们也可以去掉chr：

# 直接去掉
perl -pi -e 's/^chr(\d+)/$1/' test.gtf

如果需要批量修改某文件，可以采用和find连用：

find ./ -name "*.gtf" | xargs perl -p -i.bak -e 's/^(\d+)/chr$1/'

参考资料：

1.https://metacpan.org/