ClueGO是一个基于Cytoscape插件的基于数据可视化工具,支持常见的GO、KEGG、Reactome、miRBase等十余种数据库的富集分析,最后通过Network的形式展示富集结果。
大家可以从官网( http://apps.cytoscape.org/apps/cluego )下载安装,也可以从Cytocape的App Manager
中安装:
ClueGO本身对学术研究免费,启动之前需要前往官网注册(http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml),一般两天左右能收到注册key,注册完成后我们打开界面如下:
首次使用建议先下载数据库(支200多个物种)
然后勾选需要的数据库,下载好的呈现绿色,未下载呈灰色
下载完成后,我们在输入框输入基因信息:
完成后选择布局信息点击start执行:
执行结束后,会显示注释结果信息和相关网络图
我们可以根据需要调整CluGO参数,如我们需要添加基因信息点击:
右上角,我们可以保存本次结果信息,也可以打开之前保存的分析结果:
其他的操作是基于Cytoscape的操作,在富集分析方面是比较便捷,下面秀秀官方给出的美图:
参考资料:
1.http://www.ici.upmc.fr/cluego/