今天处理一个小问题转换ped到bed，查了网上很多资料，当我们转换常规的数据时应该没有问题，但是当我们转换非常规的染色体编号的文件时会报错，先介绍下plink文件格式。
1）PED文件主要是储存每个样本的基因型的，每行代表一个样本
2）MAP文件主要是用来记录每个maker（一般为SNP）的位置信息
3）这里的bed和我们genome里的区域文件bed完全不同，bed文件是二进制文件。同时会将谱系/表型信息存储在单独的文件（* .fam）中并创建扩展的MAP文件（* .bim）（其中包含有关等位基因名称的信息，否则将丢失在BED文件中）
用一下文件转换bed测试
plink --file y --make-bed常规染色体编号正常，如果遇见非常规染色体编号则会报如下错误：
Error: Invalid chromosome code '#######' on line 35548 of .map file.
(Use --allow-extra-chr to force it to be accepted.)如果你确定是染色体编号没有问题那么执行如下命令，表示允许非常规染色体名称
plink --file y --make-bed --allow-extra-chr参考资料：
1.http://www.cog-genomics.org/plink2
