Conda是一个运行在Windows、macOS和Linux上的开源包管理系统和环境管理系统。其优势如下：

1）Conda可以快速安装、运行和更新包及其依赖项。

2）Conda可以轻松地在本地计算机上创建、保存、加载和切换环境。它主要是为Python程序创建的，它也可以为其他语言打包和分发软件。

3）在生物信息中很多时候需要安装大量的生信软件，但是配置这些软件的环境非常麻烦，使用Anaconda可以解决很多安装上的问题。

下面我们开始使用它

step1.安装Anaconda

下载地址：https://www.anaconda.com/distribution/

step2.国内使用Anaconda下载安装包如果使用国外源将会比较慢，这里我们改用清华源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
# bioconda整合了很多生物信息学工具
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

Bioconda的优点是安装简单，软件依赖的环境一同打包且相互隔离，适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境，减少生信安装软件的困扰。

#加入bioconda源
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

step3.conda命令介绍

conda命令：

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled
                 after the git config command. Writes to the user .condarc
                 file (C:\Users\username\.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.

optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

conda commands available from other packages:
  build
  convert
  debug
  develop
  env
  index
  inspect
  metapackage
  render
  server
  skeleton
  verify

step4.常用命令：

1）create：创建一个conda环境

eg：conda create -n env #创建一个env的空的conda环境

eg： conda create -n env python=3.6 #创建一个env的conda环境 并且安装python3.6

2）activate：进入conda环境

eg：conda activate env #进入conda env环境

3）deactivate ：退出conda环境

eg：conda deactivate

4）install：安装软件

eg：conda install 软件名称 # 安装一个软件

5）remove：删除一个软件包/conda环境（谨慎使用）

eg：conda remove 软件包名称

eg：conda remove -n env –all # 完全删除env环境

写在后面的话，利用conda做环境管理是一个不错的选择，如果你希望更高的可移植性，那么我建议你使用docker。

参考资料：

1.https://www.anaconda.com/distribution/

2.https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

3.https://conda.io/projects/conda/en/latest/commands.html

4.http://bioconda.github.io

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