FragPipe-跨平台蛋白质组学数据分析套件

FragPipe是一个基于java的跨平台可视化操作的蛋白质组数据分析软件，现在可以分析像TMT、LFQ、PTM、磷酸化蛋白质组数据、DIA（基于DIA-Umpire）等，同时也可以分析最新的TIMS-TOF的数据，整合了诸多小工具，像SpectraST、EasyPQP、IonQuant等，是DDA数据分析全流程套件，支持Library生成、报告生成等，生成的Library也很方便用其他软件做DIA数据分析。

下载：https://github.com/Nesvilab/FragPipe/releases

FragPipe最新教程

• Using FragPipe (general tutorial covering all FragPipe modules)
• Running FragPipe in headless mode
• PTM discovery
  • Open search
  • Mass offset search
  • Glycoproteomics search
  • Custom mass offset workflow (RNA crosslinking example)
• TMT/iTRAQ quantification
  • Single plex
  • Multiple plexes with a pooled reference sample
  • Streamlined activity-based protein profiling of reactive cysteines (SLC-ABPP)
• Label-free quantification
• SILAC (or other MS1-labeled) data
• DIA analysis

相关文档

• Interpreting output files
• List of built-in workflows
• FragPipe setup
• Converting LC/MS data files to mzML
• Setting up FragPipe on remote Linux server (with X forwarding)

其他

• Running MSstats with IonQuant results
• Importing results into Skyline
• Importing results into Perseus
• 官方文档更新可能下方链接不可访问。

官方教程：

• FragPipe安装
• FragPipe基础使用教程（推荐）
• 糖基化数据分析
• 质谱原始数据转换成mzML
• TIMS-TOF数据执行MSstats分析
• TIMS-TOF结果数据导入Skyline

主要模块文档：

• MSFragger 教程
• Philosopher 教程

参考资料：

1.https://github.com/Nesvilab/FragPipe

2.https://msfragger.nesvilab.org/