python下调用conda环境

今天在设计pipeline时遇见一个问题，想利用python调用conda环境！直接使用os.system()发现一些问题。

首先python的system进程创建有以下特点：

1）父进程的环境变量会默认传递到子进程中

2）使用system函数，子进程无法影响父进程中的环境变量

简单的说就是每一条os.system命令都是独立的。

如：os.system(CMD1)和os.system(CMD2)的环境不会共享，如果你想在同一个环境下运行CMD1和CMD2，那么你的命令应该写成

os.system(CMD1 && CMD2)

或者

os.system(CMD1 && CMD2)

现在有了这个前置的知识，我们现在来解决python中如果调用conda环境。如我需要调用conda环境的openms（linux一般默认conda会初始化在你的.bashrc文件中；windows直接在conda的CMD中执行切换即可），下面以在linux环境下切换为例说明：

os.system("source ~/.bashrc ; conda activate openms; CMD1; CMD2")

参考资料：

1.https://docs.python.org/2/library/os.html#os.system